Cavanşir eli qızılbaş tayfalarına mənsub olmayan müxtəlif tayfa əmirləri sırasına daxil edilmişdi. Mirzə Camal yazır ki, Pənahəli xanın əsil-nəsəbi Dizaqın Cavanşir elindəndir. Bu el qədim zamanlarda Türküstandan gəlmiş Bəhmanlı elinin bir qolu olan Sarıcalı oymağındandır. Mirzə Adıgözəl bəyin adlarını çəkdiyi Cavanşir, Kəbirli, Otuziki, Kolanı, Bəhmənli və başqa Azərbaycan türk tayfaları Qarabağ vilayətinin köklü elatları idilər. Otuziki tayfası Səfəvi dövründə ölkə müəyyən vergi immunitetinə malik ərazi vahidi təşkil edirdi, Cavanşir tayfasını başçısı isə bu tayfa birləşməsinin irsi hakimi idi. Cavanşirlərin yaşadığı oymaqlardan biri də Dizaq mahalında yerləşən Sarıcalı oymağı idi. Rəvayətə görə bu oymağın adı onun əsasını qoyan Əli adlı şəxsin kürən olması ilə əlaqədar Sarıca Əli kimi çağırılması ilə bağlı olmuşdur. Əhməd bəy Cavanşir Pənahəli xanın atası, Sarıca Əlinin varisi olan İbrahimxəlil ağanın Hülaku xanın [1256-1265] nəvəsi Arqun ağanın [1284-1291] nəslindən olması, Mirzə Yusif Qarabaği Cavanşir tayfasının tatar elinə mənsubluğu barədə məlumat verirlər. Əhməd bəy Cavanşir yazır ki, O [Pənahəli xan] Hülaku xanın nəvələrindən biri olan Arqun şahın nəslindəndir. Onun əcdadı olub, Araz çayının sahilində, Bəhmənli kəndinin yaxınlığında Alaqarğa oymağında yaşayan Məhəmməd xan adlı birisi ceyran dərisindən düzəldilmiş perqament üzərində yazılan bir qəbaləyə əsasən Kürəkçay, Kür, Araz, Əlincəçay və Göyçə gölü arasındakı 200 verstə qədər uzunluğu və bu qədər də eni olan Qarabağ torpaqlarını satın almış və uzun müddət bu yerdən müstəqil surətdə istifadə edərək hələ sağlığında oranı üç oğlu arasında bölüşdürmüşdü. Ehtimal var ki, Cavanşir tayfası XVI əsrin başlanğıcında Qarabağın, xüsusən Bərdənin cənubunda yerli köçəri tayfaların tərkibində yerli hakimlər tərəfindən «Otuz iki» adı altında süni birləşməyə daxil edilmişdir. Cavanşir tayfası sayca və qüdrətcə digər tayfalardan seçildiyinə görə onların başçısı hesab olunurdu».
İbrahimxəlilxəlil ağanın böyük oğlu Fəzləli bəy Nadir şahın sarayında eşikağası [Mirzə Adıgözəl. bəyə görə naib] vəzifəsinə təyin olunmuşdu. Ancaq bir dəfə şahın qəzəbinə düçar olaraq qətlə yetirildi. Mirzə Yusif Qarabağinin yazdığına görə isə Fəzləli bəy Nadir şahın apardığı müharibələrdən birində döyüş meydanında həlak olmuşdur. F.Əliyevin yazdığına görə Fəzləli bəyin cəzalandırılmasına onun qarabağlıların köçürülməsinə açıq etirazını bildirməsi səbəb olumuşdur. Fəzləli bəyin digər qardaşı Pənahəli bəy [Ə.Şükürzadəyə görə 1693-cü ildə anadan olmuşdur] onun yerinə eşikağası vəzifəsinə təyin olunsa da qardaşının aqibətinə tuş gələcəyini düşünərək 1738-ci ildə altı nəfər qohumu ilə sarayı tərk edib qaçmışdır. Ə. Şükürzadənən yazdığına görə isə bu hadisə 1741-ci ildə baş vermişdir. Onun yazdığına görə Pənahəli xana həsəd apardığından bəziləri ona böhtan atmış, hətta şaha xəbər vermişdilər ki, guya Pənahəli onu öldürüb taxta sahib olmaq istəyir. Mirzə Camal yazır ki, Pənahəli xan müəyyən müddət Zəngəzur yaylağında, Qara Murtuza bəyin yanında qaldı, sonra isə öz tərəfdarlarını toplayaraq, Gəncəyə, Naxçıvana, Şəkiyə və digər yerlərə basqınlar etmişdir. O, əhalini də öz tərəfınə çəkmək üçün ələ keçirdiyi mal-qaranı, atları paylayırdı. O zaman təqribən on beş yaşına çatmış böyük oğlu İbrahimxəlil ağa Xorasanda yaşayırdı. Bir neçə vaxtdan sonra o da atasının dalınca Qarabağa gəldi. Əhməd bəy Cavanşir yazır: «... Pənahəli onu tutmaq üçün gələnlərlə, habelə Dağıstan tərəfdən olan basqınlardan ölkəni qoruyanlarla mübarizədəki müvəffəqiyyətdən ruhlanaraq, gələcəkdə özü üçün daha əlverişli şərait yaranacağı təqdirdə əhalinin rəğbətini qazanmaq məqsədilə, xalqa zülm edənlərə qarşı amansız olmaqla, adi partizan dəstələri başçılarına nisbətən daha çox insanpərvərlik göstərirdi». Bu zaman təqribən on beş yaşına çatmış böyük oğlu İbrahimxəlil ağa da bir müddətdən sonra Qarabağa Pənahəli bəyin yanına gəlir.
1747-ci il iyun ayının 19-dan 20-nə keçən gecə Nadir şah öldürüldükdən sonra mərkəzi hakimiyyət iflic vəziyyətinə düşdüyündən Əfşarlar imperiyasının ucqarlarında mərkəzdənqaçma meylləri üçün şərait yarandı. Azərbaycanda 20-yə yaxın müstəqil və yarım-müstəqil xanlıqlar təşəkkül tapdı. Belə bir şəraitdə Pənahəli xan da Qarabağ xanlığının əsasını qoydu. O, 200-ə qədər süvari tərəfdarı ilə birlikdə Qarabağa gəlib özünü xan elan etdi. Pənahəli bəy öz hərəkətini özünün Hülakülər sülaləsindən olan Arqun xanın nəslindən olması barədə rəvayətlə əsaslandırırdı.
Pənahəli xan vaxtilə Xorasana köçürülmüş Cavanşir və başqa ellərin özbaşına bütünlüklə oradan köçüb vətənə gəlməkdə olduqlarını eşidib öz ətrafındakılarla birlikdə Qarabağ ellərini qarşılamaq üçün getdi. Köçmənlər öz, əvvəlki yurdlarına dönüb məskunlaşdılar. Mirzə Camal Qarabağinin yazdığına görə «ellərin camaatı var-yoxdan çıxmış, soyulmuş, əziyyət çəkmiş və yoxsul olduğuna görə Pənahəli xan Şirvan, Şəki, Gəncə, İrəvan və Qarabağın ətraf ellərini qarət etdi və bu yolla soydaşlarının maddi vəziyyətini bir qədər yaxşılaşdırdı. Qısa bir zamanda möhkəm hasar və xəndək düzəldi, bazar, hamam və məscid tikildi. Xan bütün ailəsini, qohumlarını və el böyüklərini, əhli-əyalını oraya topladı. Ətrafda olan camaat, hətta Pənahəli xanın tərəqqisini, omm rəftar və məhəbbətini görən Təbriz və Ərdəbil vilayətlərinin bir çox əhalisi və sənətkarları belə öz ailələri ilə birlikdə gəlib Bayat qalasında yerləşdi.
Pənahəli xana rəsmi şəkildə xanlıq titulunun verilməsi Adil şahın [Əliqulu şah] adı ilə bağlıdır. Mirzə Camal Cavanşir belə yazır: «Mərhum Nadir şah öldürüldükdən sonra, qardaşı oğlu Əliqulu xan, Adil şah ləqəbilə mərhum Nadir şahın şahlıq taxtına çıxdı. Adil şah tərəfindən Azərbaycan ölkəsinə sərdar təyin edilmiş, Təbriz şəhərində yaşayan Əmir Aslan xan Pənahəli xanın Qarabağda olan belə bir şöhrət və istiqlaliyyətini eşitdikdə, öz adından ona [hədiyyə olaraq] at, qılınc və xələt göndərərək, onu Adil şaha itaət etməyə dəvət və təşviq etdi.
Mərhum Pənahəli xan onun elçilərinə layiq olan hörmət və mehribanlıq göstərdi». Mirzə Adıgözəl bəy isə Əmir Aslan xanın şəxsən Pənahəli bəyin görüşünə gəldiyini qeyd edir. Əmir Aslan xan Pənahəli bəyi görmək arzusu ilə gəlib onunla görüşdü. Həmin gecə Pənahəli bəyə sultanlıq, sabahı gün xanlıq mərhəmət etdi. Adil şaha itaət etməyi ona məsləhət gördü.
Əhməd bəy Cavanşir isə belə yazır: “Pənahəli xan isə məliklərə rəğbət bəsləyən və ona həsəd aparan qonşuluqdakı xanların fitnələrindən qorxuya düşüb, xaricdən kömək və himayə axtarmağa məcbur oldu. Buna görə də o, sərdar Əmir Aslan xanın yanına elçi göndərib şaha öz itaətini bildirdi. Yenicə Təbrizə gəlmiş olan və belə iğtişaşlı məmləkətdə müttəfiq tapmaqda çətinlik çəkən sərdar üçün bu, göydəndüşmə bir şey oldu. Bundan bir az sonra sərdar çoxlu qoşunla Bayata gəldi. Burada o, Pənahəli xanla birlikdə Şamaxı, Nuxa və Gəncə xanlıqlarını Adil şahın təbəəliyinə tabe etdi. Pənahəli xanın hökumətə göstərdiyi bu xidmət müqabilində sərdarm xahişi ilə Adil şah tərəfindən verilmiş fərmana əsasən Qarabağ xanlığı xüsusi bir malikanə kimi ona verildi”. Göründüyü kimi Əhməd bəy Cavanşir digər müəlliflərə nisbətən mübaliğəyə yol vermişdir.
Əgər Azərbaycan xanlıqlarının hər biri hansısa bir qala şəhərin ətrafında təşəkkül tapmışdısa, Qarabağ xanlığı ərazisində möhkəmləndirilmiş şəhər yox idi. Buna görə də xanın ilk işi etibarlı bir qala inşa etdirmək oldu. 1748-ci ildə Kəbirli mahalında Bayat qalası inşa olundu. Mirzə Camal Qarabaği yazır: «Hələ Qarabağın Xəmsə mahalları ona tabe olmadığı zaman Pənahəli xan ətraf xanların öz üzərinə hücum edəcəkləri təqdirdə ailə və qohumlarının, qulluqçu və yaxın adamlarının və /el/ böyüklərinin qorunması üçün ellərin arasında münasib bir yerdə qala tikilməsini lazım bilmişdi. Məşvərətdən sonra, indi Kəbirli mahalı içində olan Bayat qalasının binası qoyuldu. Qısa bir zamanda möhkəm hasar və xəndək düzəldildi, bazar, hamam və məscid tikildi. Xan, bütün ailəsini, qohumlarının və el böyüklərinin əhli-əyalını oraya topladı. Ətrafda olan camaat, hətta Pənahəli xanın tərəqqisini onun rəftar və məhəbbətini eşidən Təbriz və Ərdəbil vilayətlərinin bir çox əhalisi və sənətkarları belə öz ailələri ilə birlikdə gəlib Bayat qalasında yerləşdilər».
Bayat qalasının inşası Dağlıq Qarabağın xristian məliklərini və Qarabağı özünə tabe etmək niyyətində olan Hacı Çələbi xan Şəkilini narahat etdi. İrəlidə qeyd edildiyi kimi, 1736-cı il Muğan qurultayından sonra Nadir şahın Qarabağ bəylərbəyinə qarşı gördüyü cəza tədbirlərindən biri də Qarabağın beş xristian məlikliyinə /Xəmsə/ daxili idarəetmədə müstəqillik verərək Qarabağ bəylərbəyinin tabeçiliyindən çıxarıb birbaşa Azərbaycan vilayəti hakiminə tabe etməsi olmuşdur. İndi isə məliklər də siyasi müstəqillik xülyasına düşmüşdülər və buna görə də Pənahəli xanın güclənib öz hakimiyyətini bütün Qarabağ ərazisinə yaymasına müqavimət göstərirdilər. Məliklər o zaman güclü hərbi qüvvəyə malik Hacı Çələbini Pənahəli xana qarşı çıxmağa təhrik edə bildilər. «Onlar [yəni Pənahəli xana düşmən mövqedə dayanan Cavanşir və Otuziki tayfaları] Xəmsə məliklərini də özlərinə həmməslək və müttəfiq etmişdilər. O zaman bütün Şirvanatda əbədi ixtiyar sahibi və hökmran olan Hacı Çələbiyə ərizələr yazdılar. Ona bildirdilər ki, Pənahəli xan burada taxta çıxmış, qala və səngər tikdirmişdir. Əgər dəf edilməsində bir qədər təxir edilsə, sonra onun qarşısında durmaq mümkün olmayacaqdır». Bu hiyləyə inanan Hacı Çələbi, Şirvan qoşunu ilə bərabər 1748-ci ilin sonunda Pənahəli xanı aradan götürmək üçün Bayat qalasına hücum etdi. Qala mühasirəyə alındı. Bir ay mühasirədə qalan qala təslim olmadı. Məqsədinə nail olmayan, mübarizədə məğlub edilən Hacı Çələbi geri dönərkən demişdi: «Pənah xan bu vaxtacan bir sikkəsiz gümüş idi, biz gəldik, ona sikkə vurduq və qayıtdıq». Pənahəli xan hər iki-üç gündə bir dəfə atlı dəstə ilə qaladan kənara çıxaraq düşmənə qəfil həmlələr edirdi. Mirzə Camal Qarabaği bu barədə belə yazır: «Şirvan və Şəki xanları heç bir iş görə bilmədilər. Mühasirə bir aydan artıq çəkdi. Hər gün qoşunlarının qırılmasını, at və eşşəklərinin qarət olunmasını görən xanlar peşiman və pərişan halda köçüb getdilər və hər kəs öz vilayətinə qayıtdı. Zəmanəsinin kamil adamlarından olan Şəki vilayətinin hakimi Hacı Çələbi qayıdan zaman bu sözləri dedi: «Pənah xan bir xan idi. Biz gəldik onunla dava elədik və bir iş də görə bilmədik. Biz indi onu şah edib qayıdırıq». Əhməd bəy Cavanşir yazır ki, Pənahəli xan sürgündən qayıdan qohum-əqrəbasından və kürdlərdən ibarət böyük bir dəstə düzəldib Hacı Çələbinin üzərinə hücum etdi. O, Hacı Çələbinin dəstələri ilə ilk döyüşdə Bayat qalasını tutdu və tezliklə nuxalıları tamamilə sıxışdırıb Kürün o tayına atdı. Lakin böyük qüvvə ilə özünü yetirən Hacı Çələbi onu öz dəstəsi ilə birlikdə Bayat qalasında mühasirəyə aldı. Əgər kiçikdən böyüyə qədər bütün qohumları köməyə gəlməsəydi Pənahəli xan bu bəladan canını qurtara bilməyəcəkdi. Pənahəli xan köməyə gələn qüvvələrin yardımı ilə qalanın divarları yaxınlığında baş vermiş döyüşdə Hacı Çələbini tamamilə əzdi. Pənahəli xanın özündən qat-qat güclü düşmənlər üzərində qələbə çalması onun şöhrətini və nüfuzunu artırdı. Bundan sonra Pənahəli xan Xəmsə məliklərinin bölüşdürücülük fəaliyyətinə qarşı mübarizəyə başladı. Məliklərin biri - Vərəndə məliki Şahnəzər öz əmisi Hüsünü öldürüb hakimiyyətə keçdiyinə görə digər məliklərlə ədavətdə idi. Digər dörd məlik Şahnəzəri məlik kimi tanımaq istəmədilər və birləşib Vərəndəyə basqın etdilər, xeyli kəndi qarət etsələr də Şahnəzərə qalib gələ bilmədilər. Qış düşdüyü üçün öz mülklərinə çəkilib yazda basqını təkrar etrnək qərarına gəldilər. Pənahəli xan Şahnəzərlə əlaqə yaratdı. Şahnəzər xoşluqla Pənahəli xanın hakimiyyətini qəbul etdi və hətta öz qızı Hurizadı xanın oğlu İbrahimxəlil ağaya ərə verdi.
Mirzə Yusif yazır ki, Məlik Şahnəzər o biri məliklərə nisbətən özünün zəif olduğunu və işin pis nəticə verəcəyini hiss edib, ümidsizlikdən Pənahəli xanın yamna gəlmiş və ona pənah gətirdiyini, itaət etdiyini bildirmişdi. Xaçın məlikini aradan qaldırmaq üçün Pənahəli xan və Məlik Şahnəzər Xındırıstan kətxudası Mirzəxanı öz yanlarına çağırıb bildirdilər ki, əgər o, Xaçın məliki Allahverdini tutub onlara versə, əvəzində məlik rütbəsi ona verilə bilər. Mirzəxan belə də etdi. Beləliklə Xaçın məlikliyi də Qarabağ xanından asılı vəziyyətə düşdü. Raffinin yazdığına görə bu hadisə 1755-ci Idə baş vermişdir. Mirzə Adıgözəl bəy yazır ki, hakimiyyətinin ilk illərindəcə Pənahəli xan Dizaq və Çiləbörd məliklərini də itaətə gətirə bildi. Lakin bir müddət sonra yeni Çiləbörd məliki Hətəm Talışda hakimiyyəti ələ keçirmiş Məlik Usubla ittifaqa girərək Pənahəli xana qarşı mübarizəyə başladılar. Son nəticədə məğlubiyyətə uğrayıb Gəncə xanlığına qaçdılar və yeddi il Şəmkir mahalında yaşadılar. Yalnız bundan sonra geri qayıdıb Qarabağ xanına itaət göstərdiklərini bildirdilər. Digər məlumatlara görə isə Allahverdinin oğlu Ulubab Ballıca oymağı yanında qızğın müqavimət göstərdikdən sonra oğlanları ilə birlikdə qılıncdan keçirildi. Dizaq məliki Yeqan öz oğullları və qohumları ilə birlikdə kəskin müqavimət göstərdikdən sonra, onların bir hissəsi qırılmış, bir hissəsi isə islam dinini qəbul etmişdi. Çiləbörd məliyi Allahqulu sultan Pənahəli xanın təbəəliyini qəbul etməyə məcbur olmuşdur. Bayat müharibəsi göstərdi ki, xanlığa daha etibarlı qala lazımdır. Çünki Bayatın strateji mövqeyi zəif, iqlimi isti olduğundan uzun müddətə böyük hərbi qüvvə saxlamaq mümkün deyildi. Buna görə də Pənahəli xan Tərnəkütdə Şah bulağı adı ilə tanınan qala inşa etdirdi. Pənahəli xanın iqamətgahını Bayat qalasından Şahbulağa köçürtməsini Mirzə Adıgözəl bəy belə təsvir edir: «Bundan sonra Pənahəli xan düşündü ki, mən təzəbinə bir adamam, Cavanşir və Otuziki elatı yağı, Xəmsə məlikləri mənə düşməndirlər. Mən gərək möhkəm bir yerdə məskən və mənzil salam. Düşməni dəf etməkdən kahallıq və fasad əhli ilə mübarizədə səhlənkarlıq etməyəm. Buna görə Bayat şəhərini dağıtdı və gəlib bir təpənin ətəyində Şah bulağı adı ilə məşhur olan Tərnəkütdə bir qala bina etdi». Mirzə Adıgözəl bəyin yazdığına görə Pənahəli xan bu işləri 1165-ci ildə [mil. 1751-1752]. bitirərək oranı özünə məskən etdi. Əhməd bəy Cavanşirin yazdığına görə Şah bulağı qalası 1165 - ci il hicri ilində /20 noyabr 1751-ci il - 7 noyabr 1752- ci il tikilmişdir. Əhməd bəy Cavanşir Pənahəli xanın öz iqamətgahını Bayat qalasından Şahbulağı qalasına 1752-ci ildə köçürdüyünü yazır. Mirzə Adıgözəl bəy yazır ki, Məhəmmədhəsən xanm Qarabağa yürüşündən sonra Pənahəli xan və bəzi digər xanlar Hacı Çələbiyə qarşı vuruşmaq üçün II İraklinin düşərgəsinə getmiş və həbs olunmuşdular. [Burada tarixçi hadisələrin ardıcıllığını bir qədər qarışdırmışdır] XVIII əsr tarixçilərinin qeydlərindən məlum olur ki, Pənahəli xanın «Bayat qalasından Şahbulağa köçməsi, oııun hiylə ilə II İrakli tərəfindən tutulması, Hacı Çələbi tərəfmdən isə azad edilməsindən sonrakı dövrə təsadüf edir. Bu hadisə də 1752-ci ildə olmuşdur. Qarabağnamələrin müəllifləri də bu tarixi [1751-1752] təsdiq edirlər.
Xəmsə məlikləri sakitləşincə ətrafdakı elatlar da bir hissəsi xoşluqla, digər hissəsi isə zor gücü ilə xanın hakimiyyətini qəbul etdilər. Bundan sonra Qarabağ xanı öz hakimiyyətini ətraflara yaymağa başladı. Gəncə, Qaradağ, Ərdəbil və Naxçıvan xanlarıııı öz təsiri altına aldı, öz mülklərini cənub-şərqə və cənub-qərbə tərəf genişləndirərək Tatev, Sisyan, Qafan, Meğri mahallarını özünə tabe etdi. Mirzə Adıgözəl bəy bu barədə belə yazır: Pənahəli xan «Mehri, Güney mahallarını Bərgüşada qədər Qaradağ hakiminin əlindən alıb özünə tabe etdi. Tatev və Sisyan mahallarını Naxçıvan hakimindən, Zəngəzur və Qapan mahallarını Təbriz bəylərbəyisindən aldı. Kolanıların məskəni olub, Uşacıq kəndindən Göyçə sərhəddinə qədər uzanan Tərtər çayı sahilinədək yerləri İrəvan hakimindən aldı. Gəncə hakimlərinə aid və Xudafərin körpüsündən Kürək çayına qədər olan yerləri də öz əlinə keçirdi». Mirzə Adıgözəl bəy yazır ki, «Naxçıvan elindən olub bir minbaşıya tabe Kəngərli eli, Borçalıdakı Dəmirçihəsənlilərindən olub bir minbaşıya tabe Dəmirçihəsənli eli, yenə Borçalıdan Cinni tayfası da Qarabağa gəlib Pənahəli xanın himayəsinə sığmmışdılar». Xanlıq daxilində hakimiyyətini möhkəmləndirən Pənahəli xan öz təsirini Azərbaycanın digər yerlərinə yaymaq qərarına gəldi. Bu işdə o şəkili Hacı Çələbi xanı başlıca maneə hesab edirdi. Buna görə də təsiri altında olan qaradağlı Kazım xanı, Naxçıvanlı Heydərqulu xanı, gəncəli Şahverdi xanı yanına çağırdı və birləşib Hacı Çələbiyə qarşı çıxmağı təklif etdi. Xanlar bu işə Kartli çarı II İraklini də cəlb etməyi qərara aldılar. Azərbaycan torpaqlarında çoxdan gözü olan II İrakli məqamdan istifadə etməyi qərara aldı. Əvvəlcədən əldə edilmiş razılığa əsasən, Azərbaycan xanları ilə Teymuraz və II İrakli Gəncə yaxınlığında görüşməli və burada öz qüvvələrini birləşdirərək Şəki xanlığı üzərinə yürüş təşkil etməli idilər. Lakin gürcü çarları 1752-ci ildə gözbnilmədən xanların dördünü də əsir götürdü. Şahverdi xanın çaparı dərhal bu haqda Hacı Çələbi xana xəbər çatdırdı. Bu xəbəri eşidən Hacı Çələbi böyük mərdlik göstərərək, əsir alınmış Azərbaycan xanlarını azad etmək qərarına gəldi. Onun qoşunları Kür çayını keçərək Gəncəyə tərəf hərəkətə başladı. Nizami Gəncəvinin məqbərəsi yaxınlığında baş vermiş həlledici döyüş gürcü qoşunlarının tam məğlubiyyəti ilə nəticələndi. Əsir alınmış xanlar isə azad edildilər və öz vətənlərinə döndülər.
Mir Mehdi Xəzani Mehri və Güney mahalları ilə yanaşı Çuldur mahalının da Qaradağ hakimindən alındığını qeyd edir. O yazır ki, «Pənahəli xan, Xudafərin körpüsündən Kürəkçaya qədər ərazini Gəncə xanlığından, Tatev və Sisyanı Naxçıvan hakimindən, Zəngəzur və Qapanı Təbriz xanlığından, Uşacıq günbəzindən yuxarı, Göyçə sahilinədək kolanıların yaşadığı ərazini İrəvan xanlığından aldı. (s.36)
Mirzə Camal Qarabaği yazır: «Hökumət işlərini bir an belə unutmayan mərhum Pənahəli xanın işgüzar və bacarıqlı adamları, xanın əmrinə görə məsləhət üçün yığışıb dedilər: «Mərhum Nadir şah vəfat etdikdən sonra bizimlə Əliqulu xan və Sərdar Əmir Aslanın arasında sülh, ittifaq və dostluq əlaqəsi davam etməkdə idi. İndi, çox mümkündür ki, belə bir münasibət və dostluq əlaqəsi bizimlə Mahəmmədhəsən xan arasında olmasın. Ətraf xanlarından da bir o qədər xatircəm deyilik. Onların Məhəmmədhəsən xanı üzərimizə təhrik edərək, onunla birlikdə bizə qarşı çıxacaqları ehtimalı vardır. /Belə bir vəziyyətdə/ Qarabağın elləri, adlı-sanlı adamları qızılbaş qoşunun ayağı altında paymal olar, biz isə Şahbulağı qalasında elə bir qüvvətli düşmənin və ətraf xanların qarşısında müqavimət göstərə bilməyib, bütünlüklə qırılarıq. Ona görə də işin əlacını qabaqdan görmək lazımdır. Biz gərək dağların içində, möhkəm və keçilməz yerdə elə bir əbədi və sarsılmaz qala tikək ki, onu güclü düşmən belə mühasirə edə bilməsin. Qalanın bir tərəfi dağlarda olan ellərin üzünə daima açıq olmalı və mahallarla rabitəmiz, əlaqəmiz /bir an belə/ kəsilməməlidir».
Yuxarıda işarə olunduğu kimi, Pənahəli xan Məlik Şahnəzərlə məsləhətləşdi. Onun məsləhəti və bələdçiliyi ilə, Şuşa şəhərini bina etdi. Şəhərin bina olacağı yerdə axar su və bulaq yox idi. İmtahan üçün bir neçə quyu qazdılar. O quyulardan su çıxandan sonra, 1170-ci ildə [1170-ci hicri ili miladi təqviminə görə 1756-1757-ci illərə təsadüf edir]. Şuşa şəhərinin binasını qoydular». Mirzə Adıgözəl bəy daha sonra yazır ki, Şah bulağı qalası sakinlərini və bir sıra kəndlərin sakinlərini yeni qalaya köçürtdülər. «Sonra Pənah xan öz ailəsi üçün uca imarətlər və geniş binalar saldırdı. Hünərli ustalar, sənət sahibi və işbilən memarlar barı, hasar, bürc və divar çəkdilər. O divarların asarı, bəzi yerlərdə indi də durur». Mirzə Camalın yazdığına görə yeni qala inşa etmək barədə qərarı Məlik Şahnəzərə söylədikdə o indiki Şuşa qalasının yerini göstərdi. Xanın bir neçə bilici və məlumatlı adamı gedib qalanın yerini və ətrafını yoxladı. Qalanın salınacağı yerdə iki-üç bulaqdan savayı içməli su mənbəyi olmadığından güman gələn yerlərdə quyu qazıb burada çoxlu su quyuları qazmağın mümkünlüyünü müəyyənləşdirdilər. Bundan sonra Pənahəli xan bir neçə nəfər yaxın adamı ilə buraya gəldi, yerlə tanış olub qalanın bünövrəsinə daş qoydu. Bu yer Şuşa kəndinin altı verstliyində olub Kənd əhalisinin əlcin yeri və otlağı idi. Əlbəttə Şuşa qalasının 1756-cı ildə əsasının qoyulduğunu söyləmək də düzgün deyildir. Əslində bu qalanın əsasının qoyulması yox, tikintisinin başa çatması ilidir. Çünki, əvvəldə qeyd olunduğu kimi bu zaman artıq Şahbulağı qalasından əhalini Şuşaya köçürmüşlər. Şuşa kimi əzəmətli qalanı isə bir ııeçə günə, bir neçə aya, hətta bir ilə inşa edib qurtarmaq mümkün olmazdı. Deməli qalanın özülü haradasa 1753-1754-cü illər arasında qoyulmuşdur. Fikrimizcə Mirzə Camal Qarabağinin «Qarabağnamə»sində Şuşa qalasının inşasının hicri təqvimi ilə 1170-ci ildə /miladi 1756 - 1757/, xristian təqvimi ilə isə 1754-cü il göstərməsi sadəcə texniki yanhşlıq deyil, müəllif xristian tarixi ila qalanın özülünün qoyulması ilini, hicri tarixi ilə isə tikintinin başa çatdırılması ilini göstərmişdir.
Qarabağ xanının nüfuzunun artması ilə Şamaxı, Şəki, Gəncə, İrəvan, Naxçıvan, Qarabağ xanlıqlarının və Kartli-Kaxetiya çarlığının Pənahəli xana onunla müttəfiq olmaq arzuları ilə bağlı məktublar gəldi. A.Bakıxanov yazır ki, Pənahəli xan günü-gündən güclənərək Xudafərin körpüsü ilə Kürəkçay və Bərgüşad mahalları arasındakı bu əraziləri, habelə Qarabağ vilayətinin Mehri və Güney mahallarını, Naxçıvan vilayətinin Tatev və Sisyan, İrəvan vilayətinin, Tərtər Kolanı, Təbriz vilayətinin Zəngəzur və Qafan mahallarını birləşdirdi. Bəzən onun hakimiyyəti Ərdəbil və digər vilayətlərə yayılırdı.
Hacı Çələbi xanm böyük nəvəsi Hüseyn bəy Pənahəli xandan yardım istəmişdi. Hacı Çələbi xanın onu gürcü əsirliyindən xilas etməsini unutmayan Pənahəli xan qoşunu ilə qazıqumuqlu Məhəmməd xanın üzərinə yeridi. Məğlubiyyətə uğradılan Məhəmməd xan Qazıqumuqa qayıtmalı oldu.
Çox keçməmiş, yenidən cənubdan Qarabağ xanlığı üçün təhlükə yarandı. Məhəmmədhəsən xan Qacar həlak olandan sonra urmiyalı Fətəli xan Əfşar müstəqilləşdi və yenidən öz gücünü artırmağa başladı. Yenidən cənub xanlıqlarının bir çoxunu özündən asılı hala saldı və öz hakimiyyətini Azərbaycanın şimal xanlıqlarına da yaymağı qərara aldı. O, ilk növbədə mühüm strateji əhəmiyyəti olan Qarabağ xanlığını ələ keçirməyə cəhd göstərdi. Qarabağa elçilər göndərib Pənahəli xandan ona tabe olmasını tələb etdi. Lakin Pənahəli xan Fətəli xanm elçisinə kobud cavab verdi. 1760-cı ildə Fətəli xan 30 minlik qoşun toplayaraq Qarabağa yürüş etdi və Şuşa qalasının yanında düşərgə saldı. Pənahəli xana qarşı gizli düşmənçiliyi davam etdirən Çiləbörd və Talış məlikləri Fətəli xamn yanına getdilər. Pənahəli xanın müdafiəyə yaxşı hazırlaşdığını və Şuşa qalasını möhkəmliyini görən Fətəli xan şəhərin altı kilometrliyində - Ballıca və Xocalı çayları arasında qoşunların uzun müddət qala bilməsi üçün istehkam inşa etdirdi.
Mirzə Yusif Qarabaği bu məsələ haqqında daha geniş məlumat verir: Fətəli xan «bir neçə dəfə Pənah xanın üzərinə hücum edib onunla müharibə etdi. Amma məqsədə nail ola bilməyib, geri döndü. Axırıncı dəfə isə çoxlu qoşunla geniş düzənlik olan Ballıca çayı ilə Xoca Əlili çayının arasına gəldi və yolun kənarında səngər qurub burada dayandı. Hazırda da burada o səngər divarlarının xərabələri və nişanələri qalmaqdadır. Bu yer xalq arasında Fətəli xan səngəri adı ilə məşhurdur. H.Ə.Dəlili yazır ki, Şuşa əhalisinin qəhrəmancasına müqavimət göstərməsinə baxmayaraq, Fətəli xanın qoşunları tədriclə qalaya yaxınlaşır, qalaya gedən yollar bağlandığı üçün orada azuqə və hərbi sursat azahrdı, şəhər süqut etmək təhlükəsi qarşısında idi. Pənahəli xan vəziyyətdən çıxış yolunu zahiri itaət göstərməkdə görüb, öz oğlu İbrahimxəlil ağanı girov kimi Fətəli xan Əfşarın düşərgəsinə göndərmişdir.
Qarabağ xanının Urmiyalı Fətəli xandan asılılığı çox davam etmədi. Məhəmmədhəsən xan həlak olandan sonra İranda Kərim xanın nüfuzu artmış Qərbi və Mərkəzi İranın bir çox hakimləri onun hakimiyyətini tanımağa macbur oldular. Beləliklə, mərkəzi İranda öz hakimiyyətini xeyli möhkamləndirən Kərim xan Zənd belə hesab edirdi ki, Azərbaycan xanlıqlarını tabe etmədən öz mövqelərini kifayət qədər möhkəmləndirə bilməyəcək. Müstəqil siyasət yeridən Azərbaycan xanlarının əksəriyyəti isə Kərim xanın hakimiyyətini qəbul etmək niyyətində deyildilər. Bu dövrdə Cənubi Azərbaycan xanlıqlarının xeyli hissəsi Fətəli xan Əfşarın hakimiyyəti altında idi. Fətəli xan Qarabağda olduğu zaman taxt-taca digər iddiaçı Kərim xan Zənd öz qüvvələrinin artırıb İsfahan və Şiraz şəhərlərini tutdu. 1760-cı ildə isə artıq Azərbaycana hücum etdi və Təbrizi mühasirəyə aldı. Kərim xanın Cənubi Azərbaycana hücumu Urmiyah Fətəli xanı öz qüvvələrini Azərbaycanın şimalından cənubuna keçirməyə vadar etdi. 1761-ci ilin yayında Kərim xan yenidən Azərbaycana hücum etdiyi zaman Fətəli xan onu Ucan düzündə, Qaraçəmən kəndi yaxınlığında qarşıladı. Baş verən döyüşdə üstünlük əvvəlcə Fatəli xanın tərəfində olsa da, müttəfıqi Xoylu Şahbaz xanın xəyanət edərək düşmən tərəfə keçməsi onu çətin vəziyyətə saldı. Buna görə Fətəli xan Urmiya qalasına çəkilməli oldu.
1762-ci ilin may ayında Marağa şəhərini tutan Kərim xan burada düşərgə salıb Urmiya qalasına həmlə üçün hazırlığa başladı. Kərim xan vaxtilə Fətəli xanla toqquşmuş müxtəlif Azərbaycan xanlıqlarına məktublar göndərərək onları Fətəli xanla mübarizə üçün ona qoşulmağa çağırdı. Mirzə Adıgözəl bəy yazır ki, Kərim xan Zənd öz elçisi vasitəsilə Pənahəli xana aşağıdakı məzmunda məktub yazıb: «Fitnə və fəsad sahibi olan Fətəli xan indi bizimlə də qan düşməni olmuşdur. Sizinlə də pis xasiyyətli bir düşməndir. Verdiyi söz və içdiyi andın əksinə olaraq hərəkət etmişdir. İbrahimxəlil ağanı apararaq, sizi dərd və qüssəyə salmışdır. Hər an bir fikirdə və hər gün də bir əmirlə hərb etməkdədir. Mən də: «Ey ağıl sahibləri, sizin üçün qisas almaqda həyat vardır» ayəsinin məzmununa əsasən intiqam almağı və ədavət qılıncını qınından çəkib hərbə girişməyi qərara almışam. Buna görə cənabınızdan bir dost kimi xahiş edirəm ki, təcili surətdə durmadan və təxir etmədən, hökmünüz altında olan qalib qoşunlarınızla bizə yoldaşlıq edəsiniz; çünki əsas məqsədim və günəş kimi işıqlı olan fikrim budur ki, həm sizin oğlunuzu xilas edim, həm də öz qardaşımın qanını alım». Yuxarıda göstərildiyi kimi, bu dövrdə Iranın xeyli hissəsində möhkəmlənmiş Kərim xan Zənd öz hakimiyyətini Cənubi Azərbaycana da yaymaqa çalışırdı. 1762-ci ilin may ayında Xoy və Salmas şəhərləri Kərim xanın çağırışını qəbul edən Pənahəli xan kiçik oğlu Mehrəli bəyi Qarabağa müvəqqəti hakim qoyaraq, bir sıra başqa Azərbaycan xanları kimi Kərim xanın Urmiyə yanındakı düşərgəsinə gəldi. Xanların da qüvvələrini özünə birləşdirən Kərim xan Urmiya qalasını dövrəyə aldı. Qalanın xarici aləmlə əlaqəsini tamamilə kəsmək üçün ətrafına hasar hörüldü. 9 aylıq mühasirədən sonra Urmiyə qalası təslim oldu. Kərim xan Fətəli xam ailəsi ilə birlikdə götürərək Şiraza yola düşdü. O, eyni zamanda köməyinə gəlmiş Azərbaycan xanlarını - Pənahəli xanı, qaradağlı Kazım xam, Xoylu Şahbaz xanı, naxçıvanlı Hacı xan Kəngərlini, sərablı Əli xan Şəqqaqini və bir sıra başqalarını da Fətəli xan üzərində qələbə münasibətilə Şirazda keçiriləcək şənliklərdə iştirak etmək bəhanəsi ilə özüylə apardı və əslində onları orada girov kimi saxladı. Fətəli xan Əfşar üzərində çaldığı qələbə sayəsində Kərim xan Zənd öz hakimiyyətini Cənubi Azərbaycana yaymağa müvəffəq oldu. Bu bölgədə baş verə biləcək hər hansı çıxışın qarşısını almaq üçün Kərm xan təbrizli Nəcəfqulu xanı, qaradağlı Kazım xanı və başqalarını fəxri girov kimi öz yanında saxlayırdı.
Fətəli xan Əfşar isə 1763-cü ildə [may-iyun ayları arasındakı müddətdə] Kərim xan Zənd tərəfmdən Fətəli xanın Kərim xanın qardaşı İsgəndəri qətlə yetirdiyi Qəmşə adlı yerdə öldürüldü. Yad ölkədə asılı vəziyyətdə yaşamağa alışa bilməyən Pənahəli xan 1763-cü ildə Şirazda müəmmalı şəkildə vəfat etdi. Cənazəsini Qarabağa gətirib Ağdamda dəfn etdilər.
Ə.Şükürzadə Pənahəli xanın Ağdamda «İmarət» adlanan yerdəki qəbir daşı üzərində həkk olunmuş təvəllüdünü əsas götürərək Pənahəli xanın hicri 1172-ci ildə öldüyünü göstərir. Qarabağnamələrdə, o cümlədən Mirzə Adıgözəl bəyin əsərində Pənahəli xanın 1760-cı ildə vəfat etməsi göstərilir. Tarixi hadisələrin xronoloji izlənməsi və müqayisəsi də Pənahəli xanın 1763-cü ilə qədər yaşadığını və Azərbaycanın siyasi həyatında fəal iştirak etdiyini təsdiqləməyə imkan verir.