Hənifə Məlikova 6 may 1856-cı ildə Şimali Qafqazda, Nalçikdə anadan olmuşdur. O,Tiflisdə Müqəddəs Nina qız məktəbində təhsil almışdır. O zaman müsəlman qızların xristian ölkəsində təhsil alması çox nadir hadisə idi.
Həsən bəy Zərdabi ilə ailə həyatı quran Hənifə Məlikova Azərbaycan xalqının ilk maarifçi qadınlarından biri olmuşdur. Hənifə xanım 1875–1877-ci illərdə Həsən bəylə birlikdə Əkinçi qəzetinin nəşrində yaxından iştirak edib.
Hənifə Məlikova Həsən bəy Zərdabi ilə Zərdabda yaşadıqları dövrdə, 1881-ci ildən başlayaraq öz evlərində pulsuz məktəb açıb, insanlara elm, savad öyrədib. Məlikovlar həmin vaxtlar yerli din xadimlərinin və o vaxtlar Zərdabda məskunlaşmış ermənilərin əlaltılarının təqib və təzyiqlərinə məruz qalırdılar. Hənifə Məlikova 16 il yoldaşı ilə birlikdə Zərdab kəndində polis nəzarəti altında yaşayıb. Daha sonra ailəsi ilə birgə Bakıya köçüb.
Həsən bəy Zərdabi uzun illər Bakıda müsəlman qız məktəbinin açılmasını arzulayırdı. Hacı Zeynalabdin Tağıyevin sərmayəsi ilə bu təşəbbüs baş tutur. Məktəbin müdirəsi təhsilli türk xanımı olmalı idi və Hənifə Məlikova 1901–1905-ci illərdə Bakıda ilk müsəlman qız məktəbinin müdirəsi vəzifəsini icra edib. Daha sonra o, 1909-cu ildən 1919-cu ilədək Bakı şəhər dövlət birinci rus-tatar qız məktəbində müdir vəzifəsində çalışıb.
Hənifə Məlikova Azərbaycan qadınlarının taleyində çox mühüm rol oynayıb. Belə ki, onun təşəbbüsü ilə Nicat Cəmiyyətinin bir şöbəsi kimi Bakı xanımlarının ilk təşkilatı yaradılıb. Həmin təşkilat tezliklə Bakı Müsəlman Qadınlarının Xeyriyyə Cəmiyyətinə çevrilib. Hənifə xanım 1920–1926-cı illərdə Azərbaycan SSR Xalq Maarif Komissarlığında məsul vəzifədə çalışıb.
Hənifə Məlikovanın maarifçilik fəaliyyəti Zaqafqaziyanın demokratik dairələrində geniş şəkildə yayılmışdı. Həyatı əziyyət və bəzən də təqiblərlə dolu olan Hənifə Məlikova heç vaxt mübarizədən yorulmayıb. Hənifə Məlikovanın iki oğlu, iki qızı olub. Oğlanları barədə bu günə qədər heç bir məlumat yoxdur. Əlimərdan bəy Topçubaşovla ailə quran böyük qızı Pəri mühacirətdə dünyasını dəyişib. Digər qızı Qərib Soltanın sonralar gizli qəbri üzə çıxıb
Hənifə Məlikova 1929-cu ildə Bakıda vəfat etmişdir. Əvvəl şəhər qəbristanlığında dəfn edilmiş, sonralar cənazəsi həyat yoldaşı Həsən bəy Zərdabinin məzarının yaxınlığına – Fəxri Xiyabana köçürülmüşdür