Məmməd Yusif Hacıbaba oğlu Cəfərov 1885-ci il, mart ayının 14-də Bakıda anadan olub. 1907-ci ildə Bakı kişi gimnaziyasını və 1912-ci ildə isə Moskva Dövlət Universitetinin hüquq fakültəsini fərqlənmə diplomu ilə bitirmişdir. Təhsil illərində Moskvada oxuyan azərbaycanlı tələbələrin yaratdığı “Azərbaycan etnoqrafik konsert gecələri”nin və “Azərbaycan həmyerlilər təşkilatı”nın üzvü, sonralar isə rəhbərlərindən biri olmuşdur.
Ali təhsilini başa vurandan sonra Bakıya qayıdaraq, məhkəmədə andlı hakim köməkçisi vəzifəsində çalışmışdır. Hüquqşünas kimi şəhər əhalisinin hörmətini qazanan 27 yaşlı Məmməd Yusif 1912-ci ildə Bakı, Yelizavetpol (Gəncə) və İrəvan quberniyalarının müsəlman əhalisi tərəfindən 4-cü Dövlət dumasına deputat seçilmişdir. O, 4-cü Dövlət dumasında Cənubi Qafqazdan yeganə müsəlman deputat idi. M.Cəfərov 1912-17-ci illərdə Sankt-Peterburqda fəaliyyət göstərən 4-cü Dövlət dumasının 5-ci bölməsinin, Müsəlman fraksiyasının, büdcə, köçürmə, sorğu, məhkəmə islahatı, hərbi və dəniz işləri üzrə komissiyalarının üzvü seçilmişdi. O, dumada Rusiya baş nazirinin hesabatı, gömrük departamentinin xərcləmə dərəcəsi, köçürmə idarəsi üzrə xərclərin smetasına dair büdcə komissiyasının hesabatı, 1913-cü ildə Cənubi Qafqazın bəzi yerlərində məhsulsuz qalmış əhaliyə kömək tədbirləri, müharibə və s. məsələlərin müzakirəsi zamanı çıxışlar etmiş, çar hökumətinin müstəmləkəçilik siyasətini, Cənubi Qafqaz əhalisinə, xüsusən müsəlmanların maariflənməsinə laqeyd münasibət göstərildiyini, hüquqlarının məhdudlaşdırıldığını, milli məktəblərin bağlandığını tənqid etmiş və kazarmaya çevrilmiş məscidlərin qaytarılmasını Müsəlman fraksiyası adından tələb etmişdir.
Çarizmin köçürmə siyasətinə öz mənfi münasibətini bildirən M.Cəfərov, bunun "yerli ünsürü sıxışdırmaq yolu ilə ucqarlarda rus ünsürünü gücləndirmək" məqsədi daşıdığını göstərirdi. Köçürmə nəticəsində ən yaxşı torpaqların yerli əhalidən alınıb gəlmə əhaliyə verilməsini, yerli əhalinin yaşamaq imkanlarının əlindən alınmasını M.Cəfərov “dövlət işi yox”, yerli əhaliyə qarşı yönəldilmiş “dövlət bəlası” hesab edirdi. M. Cəfərov Sankt-Peterburqda olduğu dövrdə Lənkəran balıqçıları, Şamaxı müəllimləri, müsəlman ruhaniləri ona bir deputat kimi müraciət etmişlər. O, əhalinin irəli sürdüyü məsələri həll etmək üçün bir sıra dövlət idarələri və nazirliklərlə əlaqə saxlamış, onların həllinə çalışmışdır. 1917-ci il fevral inqilabını rəğbətlə qarşılayan M.Cəfərov 1917-ci ilin martın 9-da Müvəqqəti hökumətin göstərişi ilə 4-cü Dövlət dumasının üzvlərindən yaradılan Xüsusi Zaqafqaziya Komitəsinin tərkibinə daxil idi. Həmin komitədə ona sənaye və ticarət işlərinə rəhbərlik tapşırılmışdı. Bu komitə “Müvəqqəti hökumət tərəfindən 1917-ci il martın 6-da bütün xalqa elan olunmuş prinsiplər əsasında Zaqafqaziya diyarında möhkəm qayda yaratmalı və diyarda hakimiyyət orqanını təşkil etməli idi”.
M. Cəfərov Fevral inqilabı nəticəsində əldə olunmuş azadlığı müdafiə etmək, qoruyub saxlamaq üçün bütün səyləri birləşdirməyə çağırırdı: “Bu azadlığı əlinizdən verməyin onu əlinizdə möhkəm saxlayın, iç işləri barədə isə sonra danışarıq”. Çarizmin devrilməsi ərəfəsində fəaliyyət göstərmiş 4-cü Duma tribunasından istifadə edən M.Cəfərov öz səsini müxalifətin səsinə qoşaraq "mərkəzləşdirilmiş bürokratik mexanizmin Rusiyanın özgə xalqlarının milli hisslərini" təhqir etdiyini tam açıqlığı ilə bildirmişdi. M.Cəfərov 1917-ci il aprelin 15-20-də Qafqaz müsəlmanlarının Bakıda keçirilən qurultayında çıxış etmiş, müsəlmanları birliyə çağırmışdır. Həmin il noyabrın 15-də Tiflisdə yaradılan Zaqafqaziya Komissarlığında M.Cəfərov ticarət və sənaye komissarı vəzifəsini tutmuşdu. M. Cəfərov 1918-ci il fevralın 23-dən Tiflisdə işə başlayan Zaqafqaziya seyminin Müsəlman fraksiyasının üzvü, bu fraksiyanın ümumi rəyasət heyətinin sədr müavini idi. O, seymin və Müsəlman fraksiyasının iclaslarında dəfələrlə çıxış edərək, Cənubi Qafqaz xalqlarını dostluğa, ədavəti aradan qaldırmağa, əldə edilmiş azadlığı qorumağa çağırmış,Türkiyə dövləti ilə danışıqlara başlamağı və sülh sazişi bağlamağı təklif etmişdir.
1918-ci il mayın 27-də Müsəlman fraksiyasının fövqəladə iclasında Məhəmməd Əmin Rəsulzadənin sədrliyi ilə yaradılan Müvəqqəti Milli Şuranın İcraiyyə Komitəsinin tərkibində M.Cəfərov da seçilmişdi. M.Cəfərov Azərbaycan Milli Şurasının 1918-ci il mayın 28-dəki iclasında qəbul etdiyi İstiqlal bəyannaməsini imzayanlardan biri olmuşdur. Həmin iclasda Fətəli xan Xoyskinin təşkil etdiyi ilk Azərbaycan Hökumətinin tərkibində M.Cəfərov ticarət və sənaye naziri vəzifəsini tutmuşdur. Həmin il iyunun 17-də bu Hökumət istefa verdikdən sonra, M.Cəfərov Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin Gürcüstan Respublikasında diplomatik numayəndəsi olmuşdur (1918-ci il iyunun axırlarından 1919-ci il martın ortalarına kimi). O, bu vəzifədə Azərbaycan və Gürcüstan hökumətləri arasında dostluq əlaqələrinin yaradılmasında, keçmiş Zaqafqaziya Demokratik Federativ Respublikasının əmlakının bölüşdürülməsində, Gürcüstan və Dağlılar respublikaları nümayəndələrinin Tiflisdə keçirilmiş konfransında yaxından iştirak etmiş və Azərbaycanla Gürcüstan arasında əlavə müvəqqəti kağız buraxılması haqqında müqaviləni imzalamışdır. 1919-cu il martın 14-də Nəsib bəy Yusifbəylinin təşkil etdiyi 4-cü hökumətdə M.Cəfərov xarici işlər naziri vəzifəsini tutmuş, bu vəzifədə 1919-cu il dekabrın 22-ə qədər çalışmışdır. M.Cəfərov bir diplomat kimi Azərbaycan Respublikasının mənafeyini müdafiə etmişdir. Bu onun imzaladığı Gürcüstan və Azərbaycan respublikaları arasında hərbi-müdafiə sahəsində əməkdaşlıq haqqında müqavilədə, Ermənistan, Gürcüstan və Azərbaycan respublikaları arasında sazişdə, azərbaycanlılara qarşı soyqırımı və ayrı-seçkilik siyasəti əleyhinə Ermənistan xarici işlər nazirliyinə, müsəlman əhalisinin mənafeyinin, əmlakının müdafiə edilməsi Azərbaycanın ərazi bütövlüyünün qorunması barədə B.Britaniyanın Cənubi Qafqazdakı və Bakıdakı qoşunlarının komandanlıqlarına göndərdiyi notalarda və s. aydın əksini tapmışdır. M. Cəfərovun sərəncamı ilə çar Rusiyasının Cənubi Qafqazda siyasətinə dair sənədlər toplusunu hazırlamaq üçün xüsusi komissiya yaradılmışdı.
1920-ci il fevralın 2-də Məhəmməd Əmin Rəsulzadənin təklifi ilə Azərbaycan Parlamenti sədrinin birinci müavini seçilmiş və Cümhuriyyətin süqutunadək bu vəzifədə çalışmışdır. M.Cəfərov 1920-ci il aprelin 27-də Parlamentin son iclasında gərgin müzakirələrdən sonra hakimiyyətin Azərbaycan Müvəqqəti İnqilab Komitəsinə verilməsi haqqında qərarı imzalamışdır. Cümhuriyyətin süqutundan sonra Azərbaycanın pambıqçılıq və şərabçılıq trestlərində hüquq məsləhətçisi vəzifəsində çahşmışdır. 1938-ci il, may ayının 15-də Bakının Şağan kəndində vəfat edib.